Fondée en 1273 par Gaston VII, vicomte de Béarn et Seigneur du Bruilhois, et Gaillard de Montaigu, abbé de Figeac et administrateur du prieuré clunisien de Layrac dans un contexte de rivalité franco-anglaise, Sérignac est une bastide, au centre de laquelle se trouve l’église. Elle possède des maisons à couverts ou cornières avec des façades à colombage avec des briques disposées en épis. Sérignac n’est cependant pas une bastide ordinaire. Elle est dite à « enveloppement » car intégrant dans son plan un élément préexistant, en l’occurrence, l’église. Cette dernière est citée pour la première fois en 1062 lors de sa donation à Cluny.
Son clocher tors, datant de 1550, fut reconstruit en lamallé-collé en 1989. Il estt unique en Lot et Garonne.

Le clocher de l'église Notre-Dame de Sérignac-sur-Garonne a été bâti au XVIe siècle. Il est constitué d'une flèche torse à base octogonale, recouverte d'ardoises. Ce type de clocher est unique en Aquitaine et il n'en n'existe qu'une centaine en Europe.

Les raisons de telles constructions font toujours débat. Selon la légende, cette forme hélicoïdale servirait à visser le clocher dans le ciel pour éviter qu'il ne s'effondre. D'autres pensent simplement à la volonté de certains charpentiers de réaliser des prouesses architecturales. L'hypothèse généralement admise, démontre que le bois travaille toujours et que son sens de rotation naturel est de la gauche vers la droite. Ces clochers seraient donc, à l'origine, le fruit d'un mauvais séchage du bois de la charpente.

Quoiqu'il en soit, cette forme de clocher a connu un franc succès (il en existe plusieurs dans le bassin de la Loire). Les charpentiers des Compagnons du Tour de France doivent, parmi d'autres épreuves, réaliser la maquette d'un clocher hélicoïdal.

Le clocher de Sérignac-sur-Garonne est détruit par la foudre en 1921. Quelques habitants se regroupent en une association pour récolter les fonds nécessaires à sa restauration, et en 1989, le clocher est enfin reconstruit par des Compagnons charpentiers du Tour de France.